How not to search for isochores: A reply to Cohen et al

Oliver Clay, Giorgio Bernardi

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In a recent paper in these pages, Cohen et al. search for isochores in the human genome, based on a system of attributes that they assign to isochores. The putative isochores that they find and choose for presentation are almost all below 45% GC and cover only about 41% of the genome. Closer inspection reveals that the authors' methodology systematically loses GC-rich isochores because it does not anticipate the considerable fluctuations and corresponding long-range correlations that characterize mammalian DNA and that are highest in GC-rich DNA. Thus, they over-fragment GC-rich isochores (and also many GC-poor isochores) beyond recognition.

Idioma originalInglés estadounidense
Páginas (desde-hasta)2315-2317
Número de páginas3
PublicaciónMolecular Biology and Evolution
EstadoPublicada - dic. 2005
Publicado de forma externa

Áreas temáticas de ASJC Scopus

  • Ecología, evolución, comportamiento y sistemática
  • Biología molecular
  • Genética


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