Succinate dehydrogenase gene as a marker for studying Blastocystis genetic diversity

Título traducido de la contribución: El gen de la succinato deshidrogenasa como marcador para estudiar la diversidad genética de Blastocystis

Adriana Higuera, Marina Muñoz, Myriam Consuelo López, Patricia Reyes, Plutarco Urbano, Oswaldo Villalobos, Juan David Ramírez

Resultado de la investigación: Contribución a una revistaArtículorevisión exhaustiva

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Resumen

Blastocystis ha sido reportado como el microorganismo eucariota más común que reside en los intestinos de humanos y animales, con una prevalencia de hasta el 100% en algunas poblaciones. Dado que se trata de una especie críptica, el polimorfismo de secuencia es la única estrategia para analizar su diversidad genética, utilizándose tradicionalmente el análisis de la secuencia del gen ssu rRNA para determinar los alelos y subtipos (ST) de esta especie. Este gen multicopia ha mostrado una alta diversidad entre los diferentes STs, haciendo necesario explorar otros genes para evaluar la diversidad intraespecífica. Este estudio evaluó el uso de un nuevo marcador genético, la succinato deshidrogenasa (SDHA), para la tipificación y evaluación de la diversidad genética y la estructura de la población genética de Blastocystis. En total, se recogieron 375 muestras fecales humanas y se sometieron a PCR, se subtipificaron utilizando el marcador ssu rRNA, y luego se amplificó el gen SDHA mediante PCR para 117 muestras. Encontramos algunas incongruencias entre las topologías de los árboles para ambos marcadores moleculares. Sin embargo, la agrupación por ST previamente establecida para Blastocystis fue congruente en la secuencia concatenada. SDHA mostró menores señales de reticulación (el origen de un linaje a través de la fusión parcial de dos linajes ancestrales) y una mejor capacidad de agrupación intra ST. Se observaron clusters con asociaciones geográficas intra ST. La diversidad genética fue menor en el marcador evaluado en comparación con la del gen ssu rRNA (diversidad de nucleótidos = 0,03344 y 0,16986, respectivamente) y las secuencias analizadas mostraron una expansión de la población con diferenciación genética principalmente entre ST. El gen ssu rRNA fue útil para explorar la diversidad interespecífica, pero junto con el gen SDHA el poder de resolución para evaluar la diversidad intra ST fue mayor. Estos resultados mostraron el potencial del marcador SDHA para estudiar la diversidad genética intra ST de Blastocystis relacionada con la localización geográfica y la diversidad inter ST utilizando las secuencias concatenadas.
Título traducido de la contribuciónEl gen de la succinato deshidrogenasa como marcador para estudiar la diversidad genética de Blastocystis
Idioma originalInglés estadounidense
Número de artículoe05387
PublicaciónHeliyon
Volumen6
N.º11
DOI
EstadoPublicada - nov. 1 2020

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