Next-generation sequencing of host genetics risk factors associated with COVID-19 severity and long-COVID in Colombian population

La enfermedad por coronavirus 2019 (COVID-19) se considera una importante carga para la salud pública en todo el mundo. Múltiples estudios han demostrado que la susceptibilidad a las infecciones graves y el desarrollo de síntomas a largo plazo están significativamente influenciados por factores virales y del huésped. Estos hallazgos han puesto de relieve el potencial de los marcadores genéticos del huésped para identificar a los individuos de alto riesgo y desarrollar intervenciones específicas para reducir la morbimortalidad. A pesar de su importancia, los factores genéticos del huésped siguen siendo poco estudiados en las poblaciones latinoamericanas. Utilizando un diseño de casos y controles y un panel personalizado de secuenciación de próxima generación (NGS) que abarca 81 variantes genéticas y 74 genes previamente asociados con la gravedad de la COVID-19 y la COVID prolongada, analizamos 56 individuos con COVID-19 asintomática o leve y 56 casos graves y críticos. De acuerdo con estudios previos, nuestros resultados apoyan la asociación entre varias variables clínicas, incluyendo el sexo masculino, la obesidad y síntomas comunes como tos y disnea, y COVID-19 grave. Cabe destacar que trece variantes genéticas mostraron una asociación con la gravedad de la COVID-19. Entre estas variantes, la rs11385942 (p < 0,01; OR = 10,88; IC 95% = 1,36-86,51) localizada en el gen LZTFL1, y la rs35775079 (p = 0,02; OR = 8,53; IC 95% = 1,05-69,45) localizada en CCR3 mostraron las asociaciones más fuertes. Cabe destacar que trece variantes genéticas mostraron una asociación con la gravedad de la COVID-19. Entre estas variantes, la rs11385942 (p < 0,01; OR = 10,88; IC 95% = 1,36-86,51) localizada en el gen LZTFL1, y la rs35775079 (p = 0,02; OR = 8,53; IC 95% = 1,05-69,45) localizada en CCR3 mostraron las asociaciones más fuertes. Diversos síntomas respiratorios y sistémicos, junto con la variante rs8178521 (p < 0,01; OR = 2,51; IC 95% = 1,27-4,94) en el gen IL10RB, se asociaron significativamente con la presencia de long-COVID. Los resultados de la comparación de modelos predictivos mostraron que el modelo mixto, que incorpora variables genéticas y no genéticas, supera a los modelos clínicos y genéticos. Hasta donde sabemos, este es el primer estudio en Colombia y Latinoamérica que propone un modelo predictivo para la severidad de COVID-19 y long-COVID basado en análisis genómico. Nuestro estudio resalta la utilidad de los enfoques genómicos para estudiar los factores de riesgo genético del huésped en poblaciones específicas. La metodología empleada nos permitió validar varias variantes genéticas previamente asociadas con la gravedad de la COVID-19 y la COVID prolongada. Por último, el modelo integrado ilustra la importancia de considerar los factores genéticos en la medicina de precisión de las enfermedades infecciosas.