Mutation profile of SARS-CoV-2 genome in a sample from the first year of the pandemic in Colombia

Título traducido de la contribución: Perfil de mutación del genoma del SARS-CoV-2 en una muestra del primer año de la pandemia en Colombia

Jubby Marcela Gálvez, Henry Mauricio Chaparro-Solano, Ángela María Pinzón-Rondón, Ludwig L. Albornoz, Juan Mauricio Pardo-Oviedo, Fabio Andrés Zapata-Gómez, Andrés Felipe Patiño-Aldana, Andrea del Pila Hernández-Rodríguez, Mateo Díaz-Quiroz, Ángela María Ruiz-Sternberg

Producción científica: Contribución a una revistaArtículorevisión exhaustiva

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Resumen

El síndrome respiratorio agudo severo coronavirus tipo 2 (SARS-CoV-2) es el agente etiopatogénico del COVID-19, condición que ha llevado a una pandemia formalmente reconocida en marzo de 2020 (Organización Mundial de la Salud –OMS). El genoma del SARS-CoV-2 está constituido por 29.903 pares de bases, que codifican cuatro proteínas estructurales (N, M, S y E) y más de 20 proteínas no estructurales. Mutaciones en cualquiera de estas regiones, especialmente en aquellas que codifican para las proteínas estructurales, han permitido identificar diversos linajes en todo el mundo, algunos de ellos denominados Variantes de Preocupación (VOC) y Variantes de Interés (VOI), según el OMS y CDC. En este estudio, utilizando la tecnología Next Generation Sequencing (NGS), secuenciamos el genoma del SARS-CoV-2 de 422 muestras de residentes en Colombia, todas recolectadas entre abril de 2020 y enero de 2021. Obtuvimos información genética de 386 muestras, lo que llevó nos llevó a la identificación de 14 nuevos linajes circulantes en Colombia, 13 de los cuales fueron identificados por primera vez en Sudamérica. GH fue el clado GISAID predominante en nuestra muestra. La mayoría de las mutaciones fueron sin sentido (53,6%) o mutaciones sinónimas (37,4%), y la mayoría de los cambios genéticos se localizaron en elORF1ab(63,9%), seguido del gen S (12,9%). En este último identificamos las mutaciones E484K, L18F y D614G. La evidencia reciente sugiere que estas mutaciones confieren importantes particularidades al virus , comprometiendo la inmunidad del huésped, el rendimiento de las pruebas de diagnóstico y la eficacia de algunas vacunas. Algunos linajes importantes que contienen estas mutaciones son Alfa, Beta y Gamma (Etiqueta de la OMS). Es importante una mayor vigilancia genómica para comprender las variantes genómicas emergentes y su correlación con la gravedad de la enfermedad.
Título traducido de la contribuciónPerfil de mutación del genoma del SARS-CoV-2 en una muestra del primer año de la pandemia en Colombia
Idioma originalInglés estadounidense
Número de artículo105192
Páginas (desde-hasta)1-8
Número de páginas8
PublicaciónInfection, Genetics and Evolution
Volumen97
DOI
EstadoPublicada - ene. 1 2022

Áreas temáticas de ASJC Scopus

  • Microbiología
  • Ecología, evolución, comportamiento y sistemática
  • Biología molecular
  • Genética
  • Microbiología (médica)
  • Enfermedades infecciosas

Huella

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