Mitochondrial Genome Sequences of the Emerging Fungal Pathogen Candida auris

Candida auris es un hongo patógeno emergente capaz de causar infecciones invasivas en humanos. Desde su primera aparición alrededor de 1996, ha sido aislado en países de los cinco continentes. C. auris es una levadura que tiene el potencial de causar brotes en hospitales, puede sobrevivir en condiciones adversas, incluyendo superficies secas y altas temperaturas, y ha sido frecuentemente identificada erróneamente por los métodos tradicionales. Además, se han identificado cepas que son resistentes a dos e incluso a las tres principales clases de antifúngicos actualmente en uso. Se han publicado varios ensamblajes de genomas nucleares de C. auris que representan diferentes clados y continentes, pero hasta hace poco, los genomas mitocondriales (cromosomas de ADNmt) de esta especie y las especies estrechamente relacionadas de C. haemulonii, C. duobushaemulonii y C. pseudohaemulonii no se habían analizado en profundidad. Utilizamos lecturas de secuenciación de PacBio e Illumina para obtener un ensamblaje de referencia de novo del genoma mitocondrial del aislado B8441 del clado I de C. auris de Pakistán. Este ensamblaje tiene un tamaño total de 28,2 kb y contiene 13 genes codificadores de proteínas centrales, 25 ARNt y las subunidades ribosomales 12S y 16S. Luego realizamos un análisis comparativo alineando lecturas de Illumina de otros 129 aislados del sur de Asia, Japón, Sudáfrica y Sudamérica con la referencia B8441. Los clados del árbol filogenético que obtuvimos a partir de las secuencias de ADNmt alineadas fueron consistentes con los derivados del genoma nuclear. El genoma mitocondrial reveló una variación genética generalmente baja dentro de los clados, aunque el clado del sur de Asia mostró dos subramas que incluían cepas tanto de Pakistán como de la India. En particular, los 86 aislamientos de Colombia y Venezuela tenían secuencias de ADNmt que eran todas idénticas a nivel base, es decir, un único haplotipo conservado o fondo mitocondrial que exhibía diferencias características respecto del aislamiento de referencia de Pakistán B8441, como un inserto único de 25 nt que puede afectar la función.