Genotype, antifungal susceptibility, and virulence of clinical South African Cryptococcus neoformans strains from National Surveillance, 2005-2009

En Sudáfrica, Cryptococcus neoformans es la causa más común de meningitis en adultos. Realizamos tipificación de secuencia multilocus y pruebas de susceptibilidad a fluconazol de aislados clínicos de C. neoformans recolectados de 251 pacientes sudafricanos con criptococosis a través de vigilancia nacional de 2005 a 2009. Examinamos la asociación entre las características clínicas de los pacientes y el genotipo, y el efecto del genotipo en mortalidad hospitalaria. Realizamos un análisis filogenético del genoma completo de quince aislados de C. neoformans con el tipo molecular VNB y probamos su virulencia en un modelo de Galleria mellonella. La mayoría de los aislados tenían el tipo molecular VNI (206/251, 82%), seguido de VNII (25/251, 10%), VNB (15/251, 6%) y VNIV (5/251, 2%); Se identificaron 67 tipos de secuencia. No hubo diferencias en los valores de concentración inhibitoria mínima (CMI) de fluconazol entre los tipos moleculares y la mayoría de las cepas tuvieron valores de CIM bajos (CMI50 de 1 µg/mL y CMI90 de 4 µg/mL). Los hombres tenían casi el doble de probabilidades de estar infectados con un genotipo distinto del VNI (odds ratio ajustado [OR]: 1,65; intervalo de confianza [IC] del 95 %: 0,25–10,99; p = 0,61). En comparación con los pacientes infectados con un genotipo VNI, aquellos con un genotipo no VNI tuvieron una probabilidad ajustada de morir en el hospital un 50 % menor (IC 95 %: 0,03–7,57; p = 0,62). Sin embargo, para ambos análisis, nuestras estimaciones tenían intervalos de confianza amplios que abarcaban 1 con valores p grandes. Quince cepas de VNB no fueron tan virulentas en un modelo larval de G. mellonella como la cepa de referencia H99. La mayoría de estas cepas de VNB pertenecían al clado VNBII y estaban muy estrechamente relacionadas mediante análisis filogenético.