Genetic diversity among sars-cov2 strains in South America may impact performance of molecular detection

Título traducido de la contribución: La diversidad genética entre las cepas de SARS-CoV2 en Sudamérica puede afectar al rendimiento de la detección molecular

Juan David Ramírez, Marina Muñoz, Carolina Hernández, Carolina Flórez, Sergio Gomez, Angelica Rico, Lisseth Pardo, Esther C. Barros, Alberto E. Paniz-Mondolfi

Resultado de la investigación: Contribución a una revistaArtículorevisión exhaustiva

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Resumen

Desde su aparición en Wuhan (China) en diciembre de 2019, el Coronavirus del Síndrome Respiratorio Agudo Severo 2 (SARS-CoV-2) se ha extendido rápidamente por todo el mundo. Tras su llegada a Sudamérica en febrero de 2020, el virus se ha expandido por toda la región, infectando a más de 900.000 individuos con aproximadamente 41.000 muertes reportadas hasta la fecha. En respuesta al rápido crecimiento del número de casos, se han desarrollado varios conjuntos de sondas primarias. Sin embargo, a pesar de su alta especificidad, la mayoría de estos conjuntos de sondas de iniciación presentan una sensibilidad variable. Actualmente, hay más de 300 secuencias del genoma completo del SARS-CoV2 depositadas en bases de datos de Brasil, Chile, Ecuador, Colombia, Uruguay, Perú y Argentina. Para comprobar cómo la diversidad viral regional puede influir en los sitios de unión de los oligoelementos y afectar al rendimiento de la prueba, revisamos todos los conjuntos de cebadores-sonda disponibles dirigidos a los genes E, N y RdRp frente a los genomas de SARS-CoV-2 disponibles, comprobando las variaciones de nucleótidos en los sitios de recocido. Los resultados de este análisis in silico no mostraron variaciones de nucleótidos en la región objetivo del gen E, en contraste con los genes N y RdRp que mostraron variaciones masivas de nucleótidos dentro de los sitios de unión del oligo. En consonancia con datos anteriores, nuestros resultados sugieren que el gen E es la diana más conservada y fiable cuando se considera la prueba de diana de un solo gen para el diagnóstico molecular del SARS-CoV-2 en Sudamérica.
Título traducido de la contribuciónLa diversidad genética entre las cepas de SARS-CoV2 en Sudamérica puede afectar al rendimiento de la detección molecular
Idioma originalInglés estadounidense
Número de artículo580
Páginas (desde-hasta)1-14
Número de páginas14
PublicaciónPathogens
Volumen9
N.º7
DOI
EstadoPublicada - jul 2020

All Science Journal Classification (ASJC) codes

  • Inmulogía y alergología
  • Biología molecular
  • Inmunología y microbiología (todo)
  • Microbiología (médica)
  • Enfermedades infecciosas

Huella

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