Filogenia de Renealmia - Tasas de diversificación en Renealmia

La conocida alta riqueza de especies de los bosques tropicales no es uniforme en sus diferentes regiones; África es pobre en especies en comparación con el sudeste asiático y la región neotropical. Una de las hipótesis de las diferencias entre la riqueza en el Neotrópico y África apunta a la importancia de la especiación reciente en el Neotrópico. Esto se considera en particular en taxones centrados en los Andes que probablemente se diversificaron en respuesta a las oportunidades de especiación ofrecidas por el levantamiento final de los Andes tropicales (durante los últimos 25 millones de años [Ma] hasta el presente, con tasas más altas en el pasados ​​10 Ma hasta el presente). El objetivo de esta tesis es probar esta hipótesis en el género Renealmia Lf (Zingiberaceae), un linaje centrado en los Andes (c. 64 Neotropical spp.) Que también se encuentra en África (c. 17 spp.). Se presenta un recuento taxonómico de las especies colombianas (c. 32; el país con más especies) y se descubrieron tres especies nuevas para la ciencia que se describen en una revisión actualizada. Diseñé un nuevo enfoque para obtener marcadores filogenéticos nucleares para estimar filogenias a nivel de especie utilizando transcriptomas para una diversificación reciente que podría aplicarse a muestras de especímenes de herbario. Generé transcriptomas de novo para dos especies de Renealmia y un pariente de la subfamilia Alpinioideae que se combinaron con datos disponibles en repositorios para apuntar a un número bajo de copias y genes potencialmente ortólogos con intrones cortos. Obtuve datos de secuencia para ocho intrones (que van de 219 a 924 pb) y marcador de ARNr (ITS1 e ITS2) para 40 especies y al menos un marcador para 64 especies, que comprende un total de 137 accesiones, de las cuales el 67,9% (93) se tomaron muestras de especímenes de herbario. Se estimaron árboles genéticos y especies para el género. Descubrí que la mayoría de los subgrupos basados ​​en caracteres morfológicos están respaldados por datos moleculares, pero una posible combinación de clasificación de linaje incompleta (relacionada con radiaciones recientes o grandes tamaños de población) y / o introgresión a través de hibridación dificulta la solución de las relaciones entre estos subgrupos. Finalmente, estimé y comparé las tasas de diversificación de los linajes neotropicales y africanos usando filogenias fechadas basadas en los árboles estimados. Utilicé métodos disponibles y personalizados que tienen en cuenta el muestreo de taxón incompleto, la incertidumbre en las relaciones filogenéticas y la estocasticidad inherente a los procesos de diversificación.