Oliver Keatinge Clay

2023

P155 Gallstone aetiologies and bacteria: a multi-site microbiome study of 51 Colombian patients

Título traducido de la contribución: P155 Etiologías y bacterias de los cálculos biliares: estudio del microbioma en múltiples sitios de 51 pacientes colombianosDingsdag, S. A., Clay, O. K. & Quintero, G. A., jun. 2023.

Producción científica: Contribución a una conferencia › Póster › revisión exhaustiva

The structure of associations: Method insights from analyzing 28 clinical isolates of Cryptococcus neoformans

Vélez, N., Vega-Vela, N., Clay, O. K. & Parra-Giraldo, C-M., mar. 2 2023, En: Medical Mycology. 61, 3

Producción científica: Contribución a una revista › Artículo de Investigación › revisión exhaustiva

2022

Contexto genético de la hipertensión arterial

Clay, O. K. & McEwen Ochoa, J. G., 2022, Hipertensión arterial en la practica Clínica. 1 ed. Editorial Distribuna , p. 15-36 22 p.

Producción científica: Capítulo en Libro/Informe › Capítulo › Investigación

2018

Application of real-time PCR assays for the diagnosis of histoplasmosis using three molecular targets in human FFPE tissues and whole-blood

Título traducido de la contribución: Evaluación de un ensayo de flujo lateral de antígeno histoplasmático para el diagnóstico rápido de la histoplasmosis progresiva diseminada en pacientes con SIDA.López, L. F., Clay, O. K., Cáceres, D. H. & Gómez, B. L., jun. 5 2018, p. S1-S159. 1 p.

Producción científica: Contribución a una conferencia › Resumen › revisión exhaustiva

Acceso abierto

Draft Genome Sequences of Two Sporothrix schenckii Clinical Isolates Associated with Human Sporotrichosis in Colombia

Título traducido de la contribución: Proyecto de secuencias genómicas de dos aislados clínicos de Sporothrix schenckii asociados con esporotricosis humana en ColombiaGomez, O. M., Alvarez, L. C., Muñoz, J. F., Misas, E., Gallo, J. E., Jimenez, M. D. P., Arango, M., McEwen, J. G., Hernandez, O. & Clay, O. K., jun. 1 2018, En: Genome Announcements. 6, 24, e00495-18.

Producción científica: Contribución a una revista › Artículo de Investigación › revisión exhaustiva

9 Citas (Scopus)

Genome analysis reveals evolutionary mechanisms of adaptation in systemic dimorphic fungi

Muñoz, J. F., McEwen, J. G., Clay, O. K. & Cuomo, C. A., dic. 1 2018, En: Scientific Reports. 8, 1, 4473.

Producción científica: Contribución a una revista › Artículo de Investigación › revisión exhaustiva

24 Citas (Scopus)

2017

Novel taxa of thermally dimorphic systemic pathogens in the Ajellomycetaceae (Onygenales)

Dukik, K., Muñoz, J. F., Jiang, Y., Feng, P., Sigler, L., Stielow, J. B., Freeke, J., Jamalian, A., Gerrits van den Ende, B., McEwen Ochoa, J. G., Clay, O. K., Schwartz, I. S., Govender, N. P., Maphanga, T. G., Cuomo, C. A., Moreno, L. F., Kenyon, C., Borman, A. M. & de Hoog, S., may. 1 2017, En: Mycoses. 60, 5, p. 296-309 14 p.

Producción científica: Contribución a una revista › Artículo de Investigación › revisión exhaustiva

120 Citas (Scopus)

Standardization and validation of real time PCR assays for the diagnosis of histoplasmosis using three molecular targets in an animal model

Título traducido de la contribución: Estandarización y validación de ensayos de PCR en tiempo real para el diagnóstico de histoplasmosis utilizando tres dianas moleculares en un modelo animalLópez, L. F., Muñoz, C. O., Cáceres, D. H., Tobón, Á. M., Loparev, V., Clay, O., Chiller, T., Litvintseva, A., Gade, L., González, Á. & Gómez, B. L., dic. 29 2017, En: PLOS ONE. 12, 12, p. 1-15 15 p., e0190311.

Producción científica: Contribución a una revista › Artículo de Investigación › revisión exhaustiva

Acceso abierto

18 Citas (Scopus)

Toward Multiple SNP Motif Analyses of Loci Associated With Phenotypic Traits

Gallo, J. E., Misas, E., McEwen, J. G. & Clay, O. K., sep. 19 2017, En: Journal of the American College of Cardiology. 70, 12, p. 1539-1540 2 p.

Producción científica: Contribución a una revista › Carta › revisión exhaustiva

Acceso abierto

1 Cita (Scopus)

2016

From NGS assembly challenges to instability of fungal mitochondrial genomes: A case study in genome complexity

Misas, E., Muñoz, J. F., Gallo, J. E., McEwen, J. G. & Clay, O. K., abr. 1 2016, En: Computational Biology and Chemistry. 61, p. 258-269 12 p.

Producción científica: Contribución a una revista › Artículo de Investigación › revisión exhaustiva

4 Citas (Scopus)

Genome Diversity, Recombination, and Virulence across the Major Lineages of Paracoccidioides

Muñoz, J. F., Farrer, R. A., Desjardins, C. A., Gallo, J. E., Sykes, S., Sakthikumar, S., Misas, E., Whiston, E. A., Bagagli, E., Soares, C. M. A., Teixeira, M. D. M., Taylor, J. W., Clay, O. K., McEwen, J. G. & Cuomo, C. A., sep. 1 2016, En: mSphere. 1, 5, e00213-16.

Producción científica: Contribución a una revista › Artículo de Investigación › revisión exhaustiva

Acceso abierto

92 Citas (Scopus)

2015

The Dynamic Genome and Transcriptome of the Human Fungal Pathogen Blastomyces and Close Relative Emmonsia

Muñoz, J. F., Gauthier, G. M., Desjardins, C. A., Gallo, J. E., Holder, J., Sullivan, T. D., Marty, A. J., Carmen, J. C., Chen, Z., Ding, L., Gujja, S., Magrini, V., Misas, E., Mitreva, M., Priest, M., Saif, S., Whiston, E. A., Young, S., Zeng, Q., Goldman, W. E., y 6 otrosMardis, E. R., Taylor, J. W., McEwen, J. G., Clay, O. K., Klein, B. S. & Cuomo, C. A., ene. 1 2015, En: PLoS Genetics. 11, 10, e1005493.

Producción científica: Contribución a una revista › Artículo de Investigación › revisión exhaustiva

Acceso abierto

55 Citas (Scopus)

2014

Genome Update of the Dimorphic Human Pathogenic Fungi Causing Paracoccidioidomycosis

Muñoz, J. F., Gallo, J. E., Misas, E., Priest, M., Imamovic, A., Young, S., Zeng, Q., Clay, O. K., McEwen, J. G. & Cuomo, C. A., dic. 4 2014, En: PLoS Neglected Tropical Diseases. 8, 12, e3348.

Producción científica: Contribución a una revista › Artículo de Investigación › revisión exhaustiva

Acceso abierto

34 Citas (Scopus)

Limits to sequencing and de novo assembly: Classic benchmark sequences for optimizing fungal NGS designs

Muñnoz, J. F., Misas, E., Gallo, J. E., McEwen, J. G. & Clay, O. K., ene. 1 2014, Advances in Computational Biology - Proceedings of the 2nd Colombian Congress on Computational Biology and Bioinformatics CCBCOL 2013. Springer, p. 221-230 10 p. (Advances in Intelligent Systems and Computing; vol. 232).

Producción científica: Capítulo en Libro/Informe › Contribución a la conferencia

3 Citas (Scopus)

The complex task of choosing a de novo assembly: Lessons from fungal genomes

Gallo, J. E., Muñoz, J. F., Misas, E., McEwen, J. G. & Clay, O. K., dic. 2014, En: Computational Biology and Chemistry. 53, PA, p. 97-107 11 p.

Producción científica: Contribución a una revista › Artículo de Investigación › revisión exhaustiva

5 Citas (Scopus)

2013

The eukaryotic genome, its reads, and the unfinished assembly

Muñoz, J. F., Gallo, J. E., Misas, E., McEwen, J. G. & Clay, O. K., jul. 11 2013, En: FEBS Letters. 587, 14, p. 2090-2093 4 p.

Producción científica: Contribución a una revista › Artículo de Investigación › revisión exhaustiva

3 Citas (Scopus)

2011

GC3 of genes can be used as a proxy for isochore base composition: A reply to Elhaik et al.

Clay, O. K. & Bernardi, G., ene. 1 2011, En: Molecular Biology and Evolution. 28, 1, p. 21-23 3 p.

Producción científica: Contribución a una revista › Artículo de revisión › revisión exhaustiva

Acceso abierto

14 Citas (Scopus)

2008

GC level and expression of human coding sequences

Arhondakis, S., Clay, O. & Bernardi, G., mar. 14 2008, En: Biochemical and Biophysical Research Communications. 367, 3, p. 542-545 4 p.

Producción científica: Contribución a una revista › Artículo de Investigación › revisión exhaustiva

20 Citas (Scopus)

2007

Erratum: Simple proteomic checks for detecting noncoding RNA (Proteomics 7,3 (361-363) DOI: 10.1002/pmic.200600813)

Clay, O., may. 2007, En: Proteomics. 7, 9, p. 1560 1 p.

Producción científica: Contribución a una revista › Comentario/Debate › revisión exhaustiva

Human chromosomal bands: Nested structure, high-definition map and molecular basis

Costantini, M., Clay, O., Federico, C., Saccone, S., Auletta, F. & Bernardi, G., feb. 2007, En: Chromosoma. 116, 1, p. 29-40 12 p.

Producción científica: Contribución a una revista › Artículo de Investigación › revisión exhaustiva

33 Citas (Scopus)

Simple proteomic checks for detecting noncoding RNA

Cruveiller, S., Clay, O., Jabbari, K. & Bernardi, G., feb. 2007, En: Proteomics. 7, 3, p. 361-363 3 p.

Producción científica: Contribución a una revista › Artículo de Investigación › revisión exhaustiva

6 Citas (Scopus)

2006

An isochore map of human chromosomes

Costantini, M., Clay, O., Auletta, F. & Bernardi, G., abr. 2006, En: Genome Research. 16, 4, p. 536-541 6 p.

Producción científica: Contribución a una revista › Artículo de Investigación › revisión exhaustiva

Acceso abierto

177 Citas (Scopus)

Compositional properties of human cDNA libraries: Practical implications

Arhondakis, S., Clay, O. & Bernardi, G., oct. 16 2006, En: FEBS Letters. 580, 24, p. 5772-5778 7 p.

Producción científica: Contribución a una revista › Artículo de Investigación › revisión exhaustiva

Acceso abierto

8 Citas (Scopus)

Density gradient ultracentrifugation and whole genome sequences: Fine-tuning the correspondence

Clay, O., Carels, N., Douady, C. J. & Bernardi, G., 2006, En: Progress in Colloid and Polymer Science. 131, p. 97-107 11 p.

Producción científica: Contribución a una revista › Artículo de Investigación › revisión exhaustiva

2005

How not to search for isochores: A reply to Cohen et al

Clay, O. & Bernardi, G., dic. 2005, En: Molecular Biology and Evolution. 22, 12, p. 2315-2317 3 p.

Producción científica: Contribución a una revista › Artículo de Investigación › revisión exhaustiva

Acceso abierto

15 Citas (Scopus)

2004

Compositional gene landscapes in vertebrates

Cruveiller, S., Jabbari, K., Clay, O. & Bernardi, G., may. 2004, En: Genome Research. 14, 5, p. 886-892 7 p.

Producción científica: Contribución a una revista › Artículo de Investigación › revisión exhaustiva

Acceso abierto

16 Citas (Scopus)

Inaccurate reconstruction of ancestral GC levels creates a "vanishing isochores" effect

Alvarez-Valin, F., Clay, O., Cruveiller, S. & Bernardi, G., may. 2004, En: Molecular Phylogenetics and Evolution. 31, 2, p. 788-793 6 p.

Producción científica: Contribución a una revista › Artículo de Investigación › revisión exhaustiva

17 Citas (Scopus)

Incorrectly predicted genes in rice?

Cruveiller, S., Jabbari, K., Clay, O. & Bernardi, G., may. 26 2004, En: Gene. 333, SUPPL., p. 187-188 2 p.

Producción científica: Contribución a una revista › Artículo de Investigación › revisión exhaustiva

12 Citas (Scopus)

Quantifying intrachromosomal GC heterogeneity in prokaryotic genomes

Bernaola-Galván, P., Oliver, J. L., Carpena, P., Clay, O. & Bernardi, G., may. 26 2004, En: Gene. 333, 1-2, p. 121-133 13 p.

Producción científica: Contribución a una revista › Artículo de Investigación › revisión exhaustiva

23 Citas (Scopus)

Representing GC variation along eukaryotic chromosomes

Pačes, J., Zíka, R., Pačes, V., Pavlíček, A., Clay, O. & Bernardi, G., may. 26 2004, En: Gene. 333, SUPPL., p. 135-141 7 p.

Producción científica: Contribución a una revista › Artículo de Investigación › revisión exhaustiva

30 Citas (Scopus)

The new genes of rice: A closer look

Jabbari, K., Cruveiller, S., Clay, O., Le Saux, J. & Bernardi, G., jun. 1 2004, En: Trends in Plant Science. 9, 6, p. 281-285 5 p.

Producción científica: Contribución a una revista › Artículo de Investigación › revisión exhaustiva

32 Citas (Scopus)

2003

Compositional features of eukaryotic genomes for checking predicted genes.

Cruveiller, S., Jabbari, K., Clay, O. & Bemardi, G., mar. 2003, En: Briefings in Bioinformatics. 4, 1, p. 43-52 10 p.

Producción científica: Contribución a una revista › Artículo de revisión › revisión exhaustiva

Acceso abierto

15 Citas (Scopus)

GC₃ heterogeneity and body temperature in vertebrates

Jabbari, K., Clay, O. & Bernardi, G., oct. 23 2003, En: Gene. 317, 1-2, p. 161-163 3 p.

Producción científica: Contribución a una revista › Artículo de Investigación › revisión exhaustiva

8 Citas (Scopus)

LDH-A and α-actin as tools to assess the effects of temperature on the vertebrate genome: Some problems

Clay, O., Arhondakis, S., D'Onofrio, G. & Bernardi, G., oct. 23 2003, En: Gene. 317, 1-2, p. 157-160 4 p.

Producción científica: Contribución a una revista › Artículo de Investigación › revisión exhaustiva

4 Citas (Scopus)

The correlation between GC₃ and hydropathy in human genes

Jabbari, K., Cruveiller, S., Clay, O. & Bernardi, G., oct. 23 2003, En: Gene. 317, 1-2, p. 137-140 4 p.

Producción científica: Contribución a una revista › Artículo de Investigación › revisión exhaustiva

13 Citas (Scopus)

Using analytical ultracentrifugation to study compositional variation in vertebrate genomes

Clay, O., Douady, C. J., Carels, N., Hughes, S., Bucciarelli, G. & Bernardi, G., ago. 2003, En: European Biophysics Journal. 32, 5, p. 418-426 9 p.

Producción científica: Contribución a una revista › Artículo de Investigación › revisión exhaustiva

14 Citas (Scopus)

2002

A compact view of isochores in the draft human genome sequence

Pavlíček, A., Pačes, J., Clay, O. & Bernardi, G., ene. 30 2002, En: FEBS Letters. 511, 1-3, p. 165-169 5 p.

Producción científica: Contribución a una revista › Artículo de Investigación › revisión exhaustiva

Acceso abierto

52 Citas (Scopus)

Compositional patterns in reptilian genomes

Hughes, S., Clay, O. & Bernardi, G., ago. 7 2002, En: Gene. 295, 2, p. 323-329 7 p.

Producción científica: Contribución a una revista › Artículo de Investigación › revisión exhaustiva

23 Citas (Scopus)

Isochore conservation between MHC regions on human chromosome 6 and mouse chromosome 17

Pavlíček, A., Clay, O., Jabbari, K., Pačes, J. & Bernardi, G., ene. 30 2002, En: FEBS Letters. 511, 1-3, p. 175-177 3 p.

Producción científica: Contribución a una revista › Carta › revisión exhaustiva

12 Citas (Scopus)

Isochores: Dream or reality?

Clay, O. & Bernardi, G., jun. 1 2002, En: Trends in Biotechnology. 20, 6, p. 237 1 p.

Producción científica: Contribución a una revista › Carta › revisión exhaustiva

5 Citas (Scopus)

Transposable elements encoding functional proteins: Pitfalls in unprocessed genomic data?

Pavlíček, A., Clay, O. & Bernardi, G., jul. 17 2002, En: FEBS Letters. 523, 1-3, p. 252-253 2 p.

Producción científica: Contribución a una revista › Carta › revisión exhaustiva

12 Citas (Scopus)

2001

Compositional heterogeneity within and among isochores in mammalian genomes: I. CsCl and sequence analyses

Clay, O., Carels, N., Douady, C., Macaya, G. & Bernardi, G., oct. 3 2001, En: Gene. 276, 1-2, p. 15-24 10 p.

Producción científica: Contribución a una revista › Artículo de Investigación › revisión exhaustiva

26 Citas (Scopus)

Compositional heterogeneity within and among isochores in mammalian genomes: II. Some general comments

Clay, O. & Bernardi, G., oct. 3 2001, En: Gene. 276, 1-2, p. 25-31 7 p.

Producción científica: Contribución a una revista › Artículo de Investigación › revisión exhaustiva

16 Citas (Scopus)

Standard deviations and correlations of GC levels in DNA sequences

Clay, O., oct. 3 2001, En: Gene. 276, 1-2, p. 33-38 6 p.

Producción científica: Contribución a una revista › Artículo de Investigación › revisión exhaustiva

23 Citas (Scopus)

The isochores in human chromosomes 21 and 22

Clay, O. & Bernardi, G., 2001, En: Biochemical and Biophysical Research Communications. 285, 4, p. 855-856 2 p.

Producción científica: Contribución a una revista › Estudio breve › revisión exhaustiva

12 Citas (Scopus)

2000

Diversity and phylogenetic implications of CsCl profiles from rodent DNAs

Douady, C., Carels, N., Clay, O., Catzeflis, F. & Bernardi, G., 2000, En: Molecular Phylogenetics and Evolution. 17, 2, p. 219-230 12 p.

Producción científica: Contribución a una revista › Artículo de Investigación › revisión exhaustiva

17 Citas (Scopus)

1999

Proto-oncogenes, unlike 'harmless' genes, tend to be dispersed in the human genome: Selection against out-of-register recombination?

Ahmed, S., Clay, O. K. & Schaffner, W., 1999, En: Biological Chemistry. 380, 1, p. 3-5 3 p.

Producción científica: Contribución a una revista › Editorial › revisión exhaustiva

2 Citas (Scopus)

1997

Long non-stop reading frames on the antisense strand of heat shock protein 70 genes and prion protein (PrP) genes are conserved between species

Rother, K. I., Clay, O. K., Bourquin, J. P., Silke, J. & Schaffner, W., dic. 1997, En: Biological Chemistry. 378, 12, p. 1521-1530 10 p.

Producción científica: Contribución a una revista › Artículo de Investigación › revisión exhaustiva

18 Citas (Scopus)

1996

Human coding and noncoding DNA: Compositional correlations

Clay, O., Cacciò, S., Zoubak, S., Mouchiroud, D. & Bernardi, G., feb. 1996, En: Molecular Phylogenetics and Evolution. 5, 1, p. 2-12 11 p.

Producción científica: Contribución a una revista › Artículo de Investigación › revisión exhaustiva

94 Citas (Scopus)

The gene distribution of the human genome

Zoubak, S., Clay, O. & Bernardi, G., sep. 26 1996, En: Gene. 174, 1, p. 95-102 8 p.

Producción científica: Contribución a una revista › Artículo de Investigación › revisión exhaustiva

160 Citas (Scopus)

Oliver Keatinge Clay, PhD

Producción científica

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